En el complejo de Pajarales, entre octubre de 1988 y septiembre de 1989 y quincenalmente se realizaron muestreos de la columna de agua para análisis biológico, físico y químico; se hicieron incubaciones (in situ)de plancton con el fín de estimar la productividad fitoplanctónica realizando conteos e identificaciones. El registro y análisis de los parámetros físico-químicos permitió estimar su influencia sobre la comunidad fitoplanctónica. Los valores de productividad fueron altos en el Caño Dragado y muy bajos en la Ciénaga de Pajaral. En cuanto al fitoplancton hubo mayor desarrollo en la Ciénaga La Luna y en Pajaral, y no hubo desarrollo en la Ciénaga La Redonda. La producción primaria fitoplanctónica en el complejo Pajarales tuvo un comportamiento autotrófico siendo la respiración total menor que la productividad primaria neta. Los nutrientes inorgánicos con mayor concentración fueron los silicatos seguidos por ortofosfatos, nitratos y finalmente nitritos. Con picos de concentración entre octubre-enero y abril-junio.